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先提醒一下，因為上篇漏寫了一些細節，所以最後時間點就改到 2300 年，為此下篇就從那時開始寫起。
23 世紀至 26 世紀：救世主循環和重開機
自從第一個救世主死掉，循環系統開始如下發展：
1. 每死一任救世主，祭師就準備下一任救世主出現的預言
2. 每死一任救世主都會導致錫安被毀一次
3. 從第 2 任開始，每次都有 23 人會被救世主帶離虛擬環境重建錫安
4. 每出現一次救世主，機器都會重啟母體
到 26 世紀為止，已經出現 5 位救世主，並發生 5 次錫安重建和母體重啟
23 世紀其它大事件：
一個運動員的跑步速度實在太快而超越母體的計算，為此發現到虛擬實境的假象，使得幹員都必須附身在其它跑者上去阻止。然而在發現假象的當下產生衝擊，導致他在虛擬實境的賽事中摔斷腿，而晚年都被護士看護著，不過基於本能還是離開輪椅藉此跑了起來，再度展現人類的潛力。
地面上的反抗軍小組試圖將一個機器轉化成自己人，但沒想到遭遇了機器軍團的攻擊，雖然該機器最後幫忙，但小組也死亡。
26 世紀其它大事件：
第五位救世主陪同人類反抗軍抵抗機器大軍，但在 72 小時的死戰後仍讓錫安給失守，為此再挑 23 人重建錫安。這是目前循環中，人類大軍對抗過機器最久的一次，之後第五位救世主死亡。
值得注意的是，由於每次循環人類都被滅掉，所以下次循環的錫安人類都以為自己是在 2199 年繼續對抗機器。比方說在尼歐的時代，其實已經在 2699 年，但他們仍以為是在 2199 年～
27 世紀至 28 世紀：電影三部曲的前後時代
一個叫做傑弗里的反抗軍成員跟自己小組在廢棄的大學城找到種子庫，藉此說服錫安在一小塊地表開始種植作物，而因為用電量很小，起初機器軍團根本沒有發現，錫安人開始享用麵包。
最終機器仍查覺到，於是展開了一場大戰，後人稱為「麥田之戰」，傑弗里在內所有人都被殺害。這件事讓錫安不再進行農作，但每半年還是會把剩餘的小麥作成麵包，以紀念傑弗瑞等人的犧牲。
莫菲斯被喚醒到真實世界，學習到了「麥田之戰」的歷史，於是內心有著讓世界回歸人類控制的崇高使命，並遇到祭師而得知他將會釋放救世主。過了幾年，莫菲斯跟自己組員找到尼歐，試圖說服他成功加入現實世界，使得第六位救世主出現，並消滅史密斯幹員，更讓人類燃起新希望。
值得注意的是，設定在電影三部曲時期的補完漫畫，祭師都有安排一些信仰她的反抗軍成員處理事情，但大多數是陣亡率極高的任務，不過每個人都相信尼歐會帶來改變，因此都願意主動犧牲自己。
這中間尼歐發現錫安每次都會被毀滅和救世主死亡的輪迴真相，為此下定決心要打破循環，還得知史密斯變成會威脅人類和機器的瘋狂病毒，同時間機器終於找到這次錫安的所在，開始進行滅絕作戰。
不過尼歐以消滅史密斯為條件，交換了休戰的協議，人類自此暫時倖存，尼歐的犧牲也換取到循環被打破的創舉。
休戰條件：
1. 錫安、氣墊船和其它任何人類都不會受到機器的任何攻擊
2. 母體固定時間會自由選擇釋放誰離開虛擬現實
3. 人類不能干涉虛擬實境，更不能再鼓吹他人到現實世界
4. 人類不能離開既有領土，也不能擴展勢力
這時期的補完動畫和漫畫開始講述戰爭後的發展，有不少人類以殺害同胞為交換條件，藉此想要回歸虛擬實境生活。機器沒有阻止人類選擇用這種方式投靠它們，是因為他們的休戰協議中有提到不會干涉人類的決定，甚至也覺得人類這樣自相殘殺多少也處理掉一些潛在敵人。
駭客任務線上遊戲故事開始：人類開始偷偷建立新錫安，但卻被機器軍團給發現，於是尼歐犧牲所成就的停戰條件被終止，導致爆發第二次機器大戰。值得注意的是，莫非斯在遊戲劇情中不斷鼓吹尼歐還活著，讓人類充滿信心與機器軍團大戰，這使得即便有些人想要跟機器重啟休戰協議，但仍有人類想繼續作戰，而機器也派突擊隊打算殺死祭師。整體來說，劇情偏向了抹殺和維持救世主信仰為主題，算是相當有趣的～
非常非常非常遙遠的未來
一艘未知的外星太空船透過扔擲小行星的方式攻擊地球，這使得共有 20 萬人死亡，數億個機器滅亡，所以機器軍團企圖用虛擬實境方式，快速訓練一個人類成為王牌飛行員並將其喚醒到現實世界，藉此駕駛一艘特製太空船而成功摧毀外星威脅，但駕駛員卻漂流在宇宙回不去。
機器為了完成其最後心願，讓這位人類重新接上母體，使得他最後一小時的生命在虛擬實境中享受了 15 年的生活而安詳去世。
